Проект точно собран под Linux машину?
По первой мысли - собранный проект (.dll'ки) сделаны под Винду, из-за чего так и происходит. Или .dll, которые связаны напрямую с проектом, сделаны под винду, а не под линукс.
(Например, при опции Publish в Visual Studio есть возможность выбирать под какую платформу собирается проект: линукс или винда)