JQuery работает нормально, проверьте его приоритет подключения на странице, он должен быть расположен выше чем все исполняемые файлы, так же должен находиться в локальном расположении. Если все соблюдено, выполните какую-нибудь функцию на jQuery, даже просто сложение именно с использованием jQ, и выведете результат в alert. Если все будет выводится корректно, то все подключено верно, если нет, то придётся покопать