Исходи из логической мысли:
Человек пишет команду. Пишет он её куда? В чат. Значит регистрация первоначально отрабатывает с браузера клиентской части.
Если у тебя будет кастомный чат, то внутри его скрипта тебе нужно будет самому писать логику регистрации команды по отслеживанию символа '/'.
Что-то примерно вот такое будет в твоём скрипте чата.
JavaScript:
var message = $("input").val();
if (message.length <= 0) return;
if (message[0] === '/')
{
message = message.trim().substr(1);
mp.invoke("command", message);
return;
}
mp.invoke("chatMessage", message);
Как ты видишь, здесь есть обработчик, который запускает сообщение по API в серверный [Command.
Можешь с этой стороны добавить анти-флуд систему и твой вопрос решён.