Класс Database и ServerBD собирается при компиляции файла "Server.tt", этот файл компилируется вне общего проекта, то есть генерирует другой файл, который будет хранить модели для таблиц из БД.
Если вышеупомянутые классы у тебя отсутствуют, то это значит только то, что проект уже начал самостоятельно компилировать файл исходя из подключения до твоей БД (для этой компиляции используется строка подключения в самом файле "Server.tt", измени его там), но не дошёл до неё (например, неверный логин или пароль, или название базы данных), и просто удалил классы. Настрой подключение в файле Server.tt, потом нажми "CTRL+S" комбинацию, дождись, пока Visual Studio отвиснет и тогда пробуй собрать.