Да, это будет отдельный сайт, отдельная папка. Тариф ограничен 15 такими, смотря какой тариф. Я с REG хотел соскочить из-за цены, но первое что отвалилось это плагины для оплаты, донатов (все они на ioncube). Поддержка развела руками, сказала покупай VPS.
Ну и поддомены делал. У меня их куча, но хватило только на ограничение тарифа. 15 штук было максимум. Я им объяснил как на REG это работает, они сказали увы, покупай VPS.